차이점: 면세사업자가 아닌 경우는 사업자등록 신청시 일반과세사업자로 등록을 하거나 앞으로 1년 예상 매출이 4,800만원 미만으로 예상되는 경우 간이과세사업자로 사업자등록을 신청할 수 있다.

간이과세 제도는 소규모 사업자의 부가가치세 계산 및 신고납부에 있어 편의를 주기 위한 것으로 공급대가에 업종별부가가치율을 곱한 금액 10%의 금액이 부가가치세이기 때문에 계산방법이 간편하고 납부할 부가가치세는 일반적으로 공급대가의 2%~4%가 되므로 일반과세자보다 세금 부담이 적다.

그러나 간이과세자의 경우 영세율이 적용되는 경우 일반과세자와 달리 부담한 매입세액을 환급 받을 수 없으며, 개업시 들어간 비용에 대한 매입세액 중 일부만을 공제 받을 수 있다. 또한 간이과세자는 세금계산서를 발행할 수 없고 영수증만을 발행하므로 일반과세사업자보다 불리할 수도 있다.

사례를 들어 보자: 50대인 홍길동씨는 회사를 퇴직한 후 고민 끝에 음식점을 운영하기로 결정하였다.
퇴직금과 은행에서 받은 대출금으로 건물을 임차하고 실내 인테리어로 7천만원(VAT제외)를 들이고 식당에 필요한 집기비품 3천만원(VAT제외)을 장만한 후 종업원을 모집하여 오픈 할 예정이다.
음식점 영업을 시작하기 전에 사업자 등록을 해야겠는데, 간이과세자로 하면 세금이 적다는 말을 들은 적이 있는 화수분씨는 간이과세자로 등록할지 일반과세자로 등록할지 고민이 되었다. 어떻게 하는 것이 홍길동씨에게 유리한 방법일 것인가 ?

홍길동씨의 경우 개업비용으로 1억1천 만원(VAT포함)이 들어갔다.
만약 일반과세자로 사업자등록을 한 경우로 개업비용에 대해 세금계산서를 수취했다면 1억원에 대한 부가가치세 1천 만원을 매입세액으로 공제 받을 수 있으나, 간이과세자로 등록한다면 신고대상 과세기간의 공급대가에 업종별 부가율의 10%를 납부할 세금으로 하므로 개업시 부담한 부가가치세 중 일부만을 공제 받을 수 있는 것이다.

따라서 사업시작 전 비용 또는 사업초기 지출되는 비용이 큰 경우 예상되는 매출액이 간이과세자에 해당하더라도 일반과세사업자로 사업자등록을 하여 지출한 비용에 대한 매입세액을 공제(매출세액보다 크면 환급)받는 것이 사업자에게 유리할 것이다.

그리고 개업비용에 대한 매입세액을 공제 받기 위해서는 세금계산서를 수취하여야 하는데, 사업자등록증을 받기 전에는 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 수취하면 된다.

※ 일반과세자 또는 간이과세자로 등록했다고 하여 그 유형이 변하지 않고 계속 적용되는 것은 아니며, 사업자등록을 한 해의 부가가치세 신고실적을 1년으로 환산한 금액을 기준으로 과세유형을 다시 판정한다. 즉, 간이과세자로 등록했다 하더라도 1년으로 환산한 공급대가(매출액)가 4,800만원 이상이면 등록일이 속하는 과세기간의 다음다음 과세기간부터 일반과세자로 전환되며, 4,800만원 미만이면 계속하여 간이과세자로 남게 된다.

당초에 간이과세자로 등록하였으나 거래상대방이 세금계산서를 요구하거나 기타 사정에 의하여 일반과세자로 변경하고자 하는 경우에는 변경하고자 하는 달의 전달 말일까지「간이과세포기신고서」를 제출하면 된다. 그러나 간이과세를 포기하면 3년간은 다시 간이과세를 적용 받을 수 없으므로 충분히 검토해 본 후 결정하는 것이 좋다.