세금계산서는 실무적으로 재화나 용역의 제공이 완료된 때, 혹은 재화나 용역의 공급기간이 길 경우 계약서에서 정한 계약금 혹은 중도금의 지급일이 도래하였을 때, 관련 대금을 청구하면서 발행하는 경우가 일반적이다. 하지만 부가가치세법에서 일률적으로 정하고 있는 재화 및 용역의 공급시기와 거래 당사자간에 합의한 세금계산서 발행일이 어긋나 어처구니 없이 불이익을 당하는 경우가 왕왕 있다.

1. 재화 및 용역의 공급시기

부가가치세법시행령 제21조에서 밝히고 있는 재화의 공급시기는 재화가 인도되는 때이다. 즉, 재화를 공급하거나 공급받는 경우 재화의 인도가 완료되는 즉시, 세금계산서를 주고받아야 한다. 그러나, 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기이며, 반환조건부판매•동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때가 공급시기임을 주의해야 한다. 또, 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기이다.   부가가치세법에서는 용역의 공급시기에 대해서도 분명하게 정하고 있다. 동법 시행령 제22조에 따르면, 통상적인 용역공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때가 공급시기이고, 완성도기준지급이나 중간지급, 장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기이다. 그리고 그 외의 경우는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때가 용역의 공급시기이다.

2. 공급시기 이후 교부 하는 세금계산서

사업을 하다 보면 일시적인 자금부족으로 인해 거래처에 지급하기로 약속한 대금을 몇 달 늦추는 일이 자주 발생한다. 이러한 경우 일회성 거래처가 아니고 장기거래처인 경우 상대방의 자금사정을 잘 알게 되는 바, 매출처의 부가가치세부담을 완화하기 위해 협의 하에 세금계산서 발행을 늦추는 경우가 비일비재하다.   부가가치세법에서 정한 공급시기 이후 세금계산서를 주고 받는 경우, 부가가치세법에서 정한 과세기간(제1기 1월~6월, 제2기 7월~12월)내에 교부 받을 수도 있고, 과세기간이 지난 후 교부 받을 수 있다. 가령, 1월 31일에 재화를 인도한 이후 1월말을 공급일로 하여 세금계산서를 4월30일에 끊을 수도 있고, 7월31일에 발행할 수도 있는데, 4월 말에 주고 받는 것은 동일 과세기간 내에 교부 하는 것이고, 7월말에 주고 받는 것은 공급일이 속하는 과세기간 이후 교부 하는 것이다.   가. 동일 과세기간 내에 교부하는 경우 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 데는 아무 문제가 없다. 즉, 예정신고시 누락한 매입세액은 확정신고시 매입세액누락분으로 신고하고 공제받을 수 있다. 나. 공급시기가 속하는 과세기간 이후 교부 하는 경우 법에서 정한 공급시기가 속하는 과세기간 이후 세금계산서를 수수하는 경우는 매입세액을 공제받지 못한다. 부가가치세법에서 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부 받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부 받은 경우에만 매입세액공제가 가능하다고 못박고 있기 때문이다.

3. 대법원 판례

조앞서 밝힌 대로 실무상 세금계산서가 대금청구의 수단으로 주로 쓰이기 때문에 자금압박 등으로 공급시기 이후 교부할 수밖에 없는 사정에도 불구하고 국세심판원 및 법원에서도 공급시기 이후 교부한 세금계산서에 대해서 매입세액을 공제할 수 없다는 일관된 태도를 견지하고 있다. 다음에 소개하는 대법원 판례도 역시 마찬가지다. “전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서의 발급에 의한 상호검증기능을 훼손시키지 않기 위하여, 부가가치세법 제17조 및 동법 시행령 제60조제2항에 의해 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 세금계산서의 실제 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 한다. 따라서 재화의 공급시기가 2000년 1월 21일인 이 사건 부동산에 관하여 그 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 이후인 2000년 8월 19일에야 작성일자를 2000년 1월 21일로 소급하여 작성한 이 사건 세금계산서를 교부 받아 매입세액의 공제를 신청하였다는 것인바, 그렇다면 이 경우의 매입세액은, 비록 원고가 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부 받지 못한 데에 그 주장하는 바와 같은 특별한 사정이 있다고 하더라도, 매출세액에서 공제되어서는 안 된다. <대법원2004두10425>